L’IISMM travaille en partenariat avec de nombreux centres de recherches :

Centres en France

• Centre d'études Interdisciplinaires des faits religieux, CEIFR

• Centre d'études turques, ottomanes, balkaniques et centrasiatiques, CETOBAC

• Collège de France

• École pratique des hautes études, EPHE, Paris

• Institut européen en sciences des religions/IESR, Paris

• Institut national des langues et civilisations orientales

• Institut de recherche pour le développement, IRD

• Institut de recherche et d'études sur le monde arabe et musulman (IREMAM), Aix en Provence

Centres français à l’étranger

• Centre Jacques Berque pour les Etudes en sciences humaines et sociales, Rabat

• Institut Français d’Etudes Anatoliennes, Istanbul

• Institut Français du Proche Orient, IFPO

• Institut de Recherche sur le Maghreb contemporain de Tunis

Institutions étrangères

• Université Mohamed V de Rabat

Autres centres

En France

• Groupe de recherches et d’études sur la Méditerranée et le Moyen-Orient, Maison de l'Orient Méditerranéen, Lyon II

• Groupe sociétés, religions, laïcités, GSRL

• Laboratoire d’anthropologie sociale, LAS

• Migrations internationales, espaces et sociétés, MIGRINTER  Poitiers

• Maison méditerranéenne des sciences de l’homme, MMSH d'Aix-en-Provence

• Politique, Religion, Institutions et Sociétés : Mutations européennes (Prisme),

• Université Robert Schuman, Strasbourg

Centres français à l’étranger

• Centre d’études et de documentation économiques juridiques et sociales, CEDEJ, Égypte/Soudan

• Centre Français d’Archéologie et de Sciences Sociales, Sanaa

• École française d’extrême Orient

Institutions étrangères

• American Oriental Society

• Centre interdisciplinaire d'étude des religions et de la laïcité – CIERL, Bruxelles

• Centre Marc Bloch

• Centre National de Recherches Préhistoriques, Anthropologiques et Historiques), Alger, CNRPAH

• Centre de Recherche en Anthropologie, Sociale et Culturelle, Oran

• Consejo Superior de Investigaciones Cientificas

• Faculté des Lettres et des Arts, Université de Mostaganem

• Faculté de sciences sociales, Université d'Oran /Es-senia

• Faculty of Oriental Studies, University of Cambridge

• Faculty of Oriental Studies, University of Oxford

• Fondation du Roi Abdul Aziz Al Saoud, Casablanca

• Institut d’Histoire, Université de Constantine

• Institut de Sociologie, Université de Mostaganem

• Istituto Italiano per l’Africa e l’Oriente, ISIAO

• Institut Universitaire Européen de Florence

• IUO, Institut Universitaire Oriental de Naples

• Near Eastern Languages and Civilizations, Université de Chicago

• Netherlands Interniversity School for Islamic Studies, Université Leiden, NISIS

• NINO - The Netherlands Institute for Near East

• Oriental Institute, Université de Chicago

• Société internationale de sociologie des religions, SISR, Louvain

• School of Oriental and African Studies of London

• The University of Exeter

• The Department of Near Eastern Studies de l'Université du Michigan

• Université d’Aïn Chock, Casablanca

• Université de Galatasaray, Istanbul

• Université de Gottigen, Allemagne

• Université de Tunis, El Manar, Tunisie

• Université de Venise, Italie

• Zentrum Moderner Orient, ZMO

Blogs de chercheurs

• Étienne Copeaux

• Éric Geoffroy

• Yves Gonzales-Quijano

• Observatoire de la vie politique turque (Jean Marcou et al.)

• SOCiologie des RELigions, Sociorel

• Éric Verdeil