Les enseignements de l'IISMM sont dispensés par le biais de nombreux séminaires tenus régulièrement tout au long de l'année. 

Ils sont ouverts aux auditeurs (étudiants de l’EHESS ou de toutes autres universités, de même que toute personne intéressée) après accord du responsable de séminaire.

(Possibilité de validation par les étudiants master  - se renseigner sur les modalités).

Tous les ans, l'IISMM organise aussi une session de formation doctorale (au mois de mars), en étroite collaboration avec une institution située dans un pays du monde musulman (institut français et/ou centre de recherche national).
Depuis 2019, l’École doctorale annuelle est organisée par le réseau European Network for Islamic Studies (ENIS) et l’ITN MIDA, et est ainsi prévue pour tous les doctorants Marie Skłdowska-Curie de l’ITN ainsi que pour d’autres étudiants.