L’IISMM a attribué à trois reprises (2002, 2006, 2013) le Prix de la meilleure thèse sur le monde musulman.

Depuis 2016, le soutien du GIS Moyen-Orient et mondes musulmans, a permis d’instaurer une périodicité biennale.

Le Prix de thèse Moyen-Orient et mondes musulmans regroupe plusieurs prix qui sont décernés à de jeunes docteurs ayant soutenu leur thèse en lettres et sciences humaines et sociales, au cœur de la recherche la plus novatrice. Par cette action, la communauté scientifique entend reconnaître et faire connaître la jeune recherche française ou francophone.

Le Prix Michel Seurat a été institué par le CNRS en juin 1988 et, depuis 2017, l’organisation du Prix a été déléguée au GIS Moyen-Orient et mondes musulmans, en partenariat avec l’IISMM et Orient XXI. Il a pour vocation d’aider un jeune chercheur à multiplier les enquêtes sur le terrain, dans le cadre de la préparation de sa thèse.